Грибкова ДНК у маткових змивах кобил: пілотне дослідження з ITS2-секвенуванням

Що зробили

Проспективне обсерваційне пілотне дослідження на комерційній стайні тракененських коней у Литві, сезон 2026. Набрали 21 кобилу. Зразки брали під час природного еструсу, до першого покриття в цьому циклі. На момент відбору ні в кого не було ультразвуково виявленої рідини в матці; цитологію й гістопатологію не робили, тому кобил описують як «без явних клінічних ознак хвороби матки», а не як клінічно здорових.

Зразки об'єднали в пули й секвенували ITS2-амплікони. Чотири бібліотеки:

• 1FR — змиви від 5 кобил, які зажеребилися після покриття;
• 2NFR — змиви від 7 кобил, які не зажеребилися і залишалися порожніми до кінця сезону;
• 3LVL і 4SWAB — парні змив і тампон від тих самих 5 кобил.

Разом чотири пули репрезентують 13 унікальних кобил. Частина кобил потрапила і в порівняння за результатом вагітності, і в порівняння методів відбору.

Що знайшли

Після біоінформатичної обробки в кожній бібліотеці залишилося 82 862–130 870 рідів і 27–111 унікальних ампліконних варіантів послідовностей. Кількісна ПЛР на ITS2 дала 1 107–1 728 копій цілі на мкл екстракту ДНК.

Домінували Ascomycota — 50,7–72,5%, далі Basidiomycota — 8,1–24,1%.

Бібліотека від кобил, що зажеребили, мала найнижче значення індексу Шеннона на рівні пулу і відрізнялася позицією на ординації — переважно за першою головною координатою. Парні змив і тампон теж описово різнилися за складом і позицією на ординації.

Контролі — важливо

Ні екстракційний бланк, ні бланк підготовки бібліотеки не перетнули поріг детекції qPCR за 40 циклів. Але обидва дали ріди при секвенуванні, і аналіз контролів не дозволив виключити низькорівневе лабораторне або секвенаційне забруднення. Цільовий аналіз чутливості, який виключив послідовність, спільну для бланка підготовки бібліотеки і двох біологічних бібліотек, суттєво не змінив таксономічний склад, різноманіття чи картину ординації.

Культури

У доступних рутинних звітах посівів росту грибів не було.

Що це означає для практики

Дослідження показує: у матці кобил без явної хвороби можна знайти різноманітні грибкові сигнали ДНК. І все. Воно не доводить життєздатну колонізацію, грибкову інфекцію, зв'язок із настанням вагітності чи еквівалентність методів відбору.

Причини стриманості: одна бібліотека на кожну категорію порівняння, кобили перетинаються між порівняннями, дані посівів неповні, біомаса низька. Усі порівняння були заздалегідь визначені як описові й гіпотезотвірні — жодних інференційних, причинних чи діагностичних висновків.

Молекулярне виявлення не відрізняє життєздатну колонізацію від транзиторного занесення, нежиттєздатного грибкового матеріалу чи контамінації. Культура і ПЛР дають взаємодоповнювальну, а не взаємозамінну інформацію.

Щоб підтвердити будь-що з цього, потрібне секвенування індивідуальних кобил, повний набір польових і лабораторних контролів, стандартизована мікологічна культура і поєднання з цитологією, гістопатологією та репродуктивними даними.