Перші дані про поліморфізми гена PRND у кажанів: 7 нових SNP і один потенційно шкідливий варіант
У кажанів Кореї вперше описали поліморфізми гена PRND (Doppel). Знайшли 7 нових SNP, сильного зчеплення між PRNP і PRND немає, а варіант c.392G>C (R131T) програми передбачають як потенційно шкідливий для білка Doppel.
Кажани досі вважаються видом без жодного природного випадку пріонної хвороби — але чи вони стійкі до пріонів, чи просто недостатньо обстежені, невідомо. Корейська група з Jeonbuk National University вирішила закрити одну прогалину: описати ген prion-like білка (PRND, продукт — Doppel) у кажанів.
Дослідники взяли зразки печінки й кишечника 98 кажанів 11 видів, з них найбільше — підковоносів великих (Rhinolophus ferrumequinum, n = 58). Виділили геномну ДНК, ампліфікували кодуючу ділянку PRND і секвенували амплікони.
Знайшли 7 нових SNP у гені PRND кажанів. П'ять із них (c.214G>A, c.391A>C, c.456G>A, c.465A>G, c.478A>G) мали частоту мінорного алеля нижче 5%, тому їх віднесли до рідкісних варіантів і виключили з аналізу нерівноважного зчеплення (LD) та гаплотипів. LD і гаплотипи рахували лише для підковоносів великих — найбільша вибірка.
Жодна пара SNP між PRNP і PRND не перевищила поріг сильного зчеплення (r² > 0,333). Тобто ці два гени в кажанів успадковуються радше незалежно, і годі переносити зв'язки, відомі для інших видів.
Найцікавіше для клініки й патогенезу — несинонімічний варіант c.392G>C (R131T). За предикторами SIFT і MutPred2 він потенційно шкідливий для білка Doppel кажанів. Додатково використали MUpro (стабільність білка) і SODA (розчинність), а тривимірну структуру Doppel будували в AlphaFold3 з оцінкою впевненості (pLDDT, PAE, PDE); зміни водневих зв'язків від заміни амінокислоти дивилися в Swiss-PdbViewer.
Філогенетичне дерево за амінокислотною послідовністю Doppel побудували методом максимальної правдоподібності (MEGA 12.1) для 9 видів: людина, велика рогата худоба, вівця, коза, кіт, кінь, собака, кролик і підківніс великий. Вирівнювання робили в ClustalW.
Практичний висновок поки обережний: прямих доказів пріонної інфекції в кажанів немає, усі ефекти варіантів — лише комп'ютерні передбачення, без функціональних тестів. Але базові дані про PRND у кажанів тепер є, і вони знадобляться, якщо колись доведеться оцінювати сприйнятливість рукокрилих до пріонів — тим паче що кажанів у низці країн їдять і використовують як ліки, а історія BSE → варіантна хвороба Крейтцфельдта-Якоба показала, чим це може закінчитися.