Нова схема генотипування гусячого астровірусу: два генотипи, п'ять підтипів за ORF2
Китайські дослідники застосували метод PASC до 179 повних геномів N-GoAstV і запропонували кількісні межі поділу: генотипи розходяться на p-дистанції ~0,18, а підтипи — на ~0,05 (N-GoAstV-1) і ~0,033 (N-GoAstV-2). Це дає відтворюваний критерій замість суб'єктивної оцінки філогенетичних дерев.
Гусячий астровірус (N-GoAstV) — невеликий безоболонковий вірус з +ssRNA геномом 6–7 т.п.н. і капсидом ~30 нм. З 2017 року його реєструють у багатьох провінціях Китаю. Інфекція дає типову подагру у гусенят із летальністю понад 40%, з масивним відкладенням уратів у нутрощах, суглобових капсулах і хрящах, часто зі збільшенням нирок. На частині водоплавних ферм захворюваність перевищує 50%. Передається горизонтально й вертикально, економічні втрати значні.
Геном має три рамки зчитування. ORF1a і ORF1b кодують неструктурні білки (протеаза, RdRp). ORF2 кодує капсид — він критичний для збирання віріона, зв'язування з рецептором і є головним антигенним детермінантом. С-кінець ORF2 — гіперваріабельна ділянка, джерело антигенної мінливості та гаряча точка рекомбінації. Саме тому ORF2 — логічна мішень для генотипування й епідеміології.
Досі єдиного стандарту генотипування не було: виділяли N-GoAstV-1 і N-GoAstV-2 переважно за топологією дерев. Автори взяли метод PASC (Pairwise Sequence Comparison), який рахуює попарні p-дистанції та будує розподіл їх частот; поріг беруть у "долині" між піками. Це знижує суб'єктивність і дає кількісну відтворювану рамку.
Матеріал: 179 повних геномів N-GoAstV з NCBI станом на 22 серпня 2025 року, без географічних чи часових квот. Амінокислотні p-дистанції ORF2 рахували в MEGA X 10.2.6 (pairwise deletion, біни по 0,0016). Межі визначали разом із NJ-деревом, потім перевіряли ML-деревом (1000 бутстрепів, модель підібрана ModelTest, корінь — людський астровірус NC_001943.1). Рекомбінацію шукали RDP4 сімома методами; сигнал вважали достовірним за підтримки мінімум чотирьох методів. Послідовності з рекомбінацією в межах ORF2 лишили в основному аналізі, але зробили додатковий аналіз чутливості без них.
Результати. Розподіл p-дистанцій ORF2 має кілька компонентів. Головний перехід — близько 0,18: це межа між N-GoAstV-1 і N-GoAstV-2, збігається з NJ-топологією. Додаткові емпіричні межі — близько 0,05 всередині N-GoAstV-1 і близько 0,033 всередині N-GoAstV-2. Поділ на підтипи за 0,05 у N-GoAstV-1 підтверджується відокремленням кластерів 1a/1b і меншою внутрішньогруповою варіацією. Автори наголошують: розподіли внутрішньо- і міжпідтипових дистанцій місцями перекриваються, тому ці значення — емпіричні межі, а не жорсткі відсічки, незалежні від топології.
Підсумок для практики: запропоновано рамку з двох генотипів і п'яти підтипів N-GoAstV на основі амінокислотної послідовності ORF2. Це дає кількісний, відтворюваний критерій для епідеміологічних досліджень і для розробки вакцин. Дані поширення варто читати як доступність послідовностей у GenBank, а не як оцінку реальної поширеності підтипів.