CCSER1 у джунькенських м'ясних овець: SNP2 і SNP3 — маркери росту та плодючості
У джунькенських м'ясних овець знайшли три місенс-мутації в гені CCSER1. Після поправки Бонферроні зв'язок зберігся для SNP2 (середня вага при народженні) та SNP3 (річна вага, середньодобовий приріст). Диплотипи T-A/T-A і T-A/T-G дають вищу річну вагу — потенційні маркери для відбору.
Джунькенська м'ясна порода — нова китайська порода, яку розводять саме на поєднання плодючості та ваги. Проблема в тому, що багатоплідність і маса тіла зазвичай тягнуть у різні боки: більше ягнят — менша вага при народженні й повільніший ріст. Тому шукають генетичні маркери, які працюють на обидві ознаки одночасно.
CCSER1 — ген на 6-й хромосомі вівці, 11 екзонів, 899 амінокислот. Білок сидить у серединному тільці під час пізнього цитокінезу та в комплексі γ-тубуліну, тобто критичний для нормального поділу клітин і стабільності геному. Раніше GWAS і аналіз сигналів селекції вже виводили його як кандидата на розмір приплоду та річну вагу. У кіз і овець інших порід він також асоційований з вовною, стійкістю до хвороб і надоєм.
Дослідження: 265 здорових джунькенських овець (235 вівцематок, 30 баранів) 3–6 років, без домішок інших порід. Генотипували методом Sequenom MassARRAY®. Фенотипи збирали за 2020–2024 роки: розмір приплоду за кожен окіт, вага при народженні, відлучці (3 міс.) і річна, плюс розрахункові середньодобові прирости ADG1 (народження–відлучка), ADG2 (народження–12 міс.), ADG3 (відлучка–12 міс.). Викиди понад 3 SD від середнього прибрали.
Знайшли три місенс-мутації:
- SNP1 — XM_042251242.2: c.2557C>T, екзон 11;
- SNP2 — c.1206A>G, екзон 2;
- SNP3 — c.16T>C, екзон 2.
Біоінформатичний прогноз: усі три можуть змінювати вторинну й третинну структуру білка CCSER1.
Статистика — одноступенева змішана модель, потім поправка Бонферроні в межах кожної ознаки. Після поправки залишились значущими:
- SNP2 і ABW (скоригований P = 0.0024);
- SNP3 і YW (P = 0.022);
- SNP3 і ADG2 (P = 0.039).
Фазування SNP2 і SNP3 дало чотири хромосомні гаплотипи та шість диплотипів. Для річної ваги знайшли значущу асоціацію диплотипу (P = 0.039). За тестом Tukey HSD тварини з T-A/T-A або T-A/T-G мали достовірно вищу річну вагу, ніж носії T-G/T-G.
Експресію мРНК міряли RT-qPCR на трьох одновікових вівцематках з однаковими генотипами за всіма трьома SNP. Профіль тканинно-специфічний: найвища експресія в сичузі (P < 0.01). У легенях і яєчнику достовірно вище, ніж у печінці, нирці, шкірі, мозку та гіпофізі (P < 0.01).
Для практики: SNP2, SNP3 та диплотипи T-A/T-A і T-A/T-G можна використовувати як молекулярні маркери в marker-assisted selection для покращення росту й плодючості овець. Вибірка помірна (265 голів), тож перед широким впровадженням варто перевірити на більших популяціях та інших породах.