У мавп знайшли 15 нових варіантів гена PRND — двоє з них можуть шкодити структурі білка Doppel
У 121 яванського макака вперше описали ген PRND (білок Doppel, «родич» пріона). Знайшли 15 нових поліморфізмів, 12 з них — у кодуючій ділянці. Два заміни, L21F і D124H, прогнозують як потенційно шкідливі для стабільності білка. Це базова лінія для мавпячих моделей пріонних хвороб.
Що зробили
Взяли кров у 121 яванського макака (Macaca fascicularis) у Корейському інституті токсикології, виділили ДНК і прогнали ПЛР по гену PRND (Gene ID: 102126856) з наступним секвенуванням на ABI 3730. Далі рахували частоти генотипів, алелів і гаплотипів, а також нерівновагу зчеплення (LD) у Haploview v4.2.
Окремо порівняли амінокислотну послідовність Doppel мавпи з людьми, великою рогатою худобою, вівцями, козами, котами, кіньми, собаками й кролями через ClustalW, побудували філогенетичне дерево в MEGA 12. Вплив несинонімічних замін оцінювали in silico (SIFT, MutPred2, PolyPhen-2, AMYCO), а вторинну й третинну структуру білка — через PSIPRED, GOR IV і Robetta.
Що знайшли
15 нових поліморфізмів у гені PRND мавпи:
- 12 — в межах відкритої рамки зчитування (ORF);
- 1 — в upstream-ділянці;
- 2 — в downstream-ділянці.
LD-аналіз показав кілька сильних зв'язків між поліморфізмами PRND у мавп.
Люди й мавпи мають однакову довжину послідовності PRND і високу гомологію — це підтверджує макака як модель для пріонних досліджень.
Дві несинонімічні заміни — c.61C>T (L21F) і c.370G>C (D124H) — інструменти передбачення позначили як такі, що можуть пошкоджувати білок і знижувати структурну стабільність Doppel.
Контекст
PRND лежить за 16–52 kb нижче від PRNP — гена власне пріонного білка. Doppel структурно схожий на PrP, але не має октапептидних повторів і не замінює PrP функціонально; навпаки, його експресія в ЦНС пов'язана з пізньою нейродегенерацією. У людей варіанти PRND (3' UTR +28, T26M, P56L, T174M) вже пов'язували з ризиком хвороби Крейтцфельдта–Якоба. У овець і кіз описана сильна нерівновага зчеплення між PRNP і PRND.
Що це означає для практики
Це перший опис генетичного ландшафту PRND у мавп. Прямих клінічних рекомендацій поки немає — дані in silico, без функціональних тестів. Але для тих, хто працює з мавпячими моделями пріонних хвороб або використовує макак у токсикології, це орієнтир: алелі L21F і D124H варто враховувати при відборі тварин у дослідження, бо вони можуть впливати на стабільність Doppel і, ймовірно, на сприйнятливість до пріонної патології.