Перші мітогеномні дані Trichophyton verrucosum з Казахстану: що знайшли у місцевих ізолятів
З 12 польових ізолятів Trichophyton з шести регіонів Казахстану два найпатогенніші (KZ_Tr1, KZ_Tr2) секвенували повністю. Отримали перші мітогеноми T. verrucosum-related для Центральної Азії — 24 216 і 24 317 п.н. Це регіональний базовий рівень для діагностики та епідеміології дерматофітозів ВРХ.
Дерматофітоз ВРХ у Казахстані залишається постійною проблемою, але молекулярних даних про місцеві ізоляти майже немає. Дослідження закриває цю прогалину: 12 польових ізолятів Trichophyton зібрали з шести регіонів — Алматинської, Кизилординської, Туркестанської, Мангистауської, Акмолинської областей і Західного Казахстану.
Клініка і виділення. Уражені волоски та лусочки шкіри обробляли 20% NaOH, потім 96% етанолом, висівали на сусло-агар і м'ясо-пептонно-гліцериновий агар з 2% глюкози, з пеніциліном і стрептоміцином 100–200 Од/см³. Циклогексимід не додавали. Інкубація при 28 °C до 30 діб: перший ріст на 3–5 день, повноцінні колонії — на 18–21 день.
Модель патогенності на кролях. Кожен ізолят тестували в трьох дозах: 3,0×10⁶, 5,0×10⁶ і 8,0×10⁶ мікроконідій/см³, по три кролі на дозу. Разом 129 тварин, включно з референсними штамами T. verrucosum F-02 і T. mentagrophytes F-01 та негативним контролем (фізрозчин). Шкіру ділянки 5×5 см скарифікували стерильним лезом без крові. Спостереження — 15 діб.
Ізоляти KZ_Tr1 і KZ_Tr2 з Алматинської області дали найбільше ураження: 40%, 60% і 80% при 3,0×10⁶, 5,0×10⁶ і 8,0×10⁶ мікроконідій/см³ відповідно. Саме їх відібрали для секвенування.
Молекулярні результати. ITS-послідовності обох ізолятів кластеризувалися в межах лінії, спорідненої з T. verrucosum. Автори обережно трактують видову приналежність — аналіз базувався лише на одному маркері rDNA/ITS.
Секвенування Illumina дало кільцеві мітогеноми: 24 216 п.н. для KZ_Tr1 і 24 317 п.н. для KZ_Tr2. У KZ_Tr2 якість збірки вища — повне покриття, більша глибина читань, менше неоднозначних нуклеотидів, тому саме його використали для детальної анотації. У ньому знайшли 16 білок-кодуючих генів, 24 тРНК-гени, один ген малої субодиниці рРНК і три тандемні повтори.
Що це дає практиці. Це перші молекулярні та мітогеномні дані для cattle-associated T. verrucosum-related ізолятів з Казахстану. Вони створюють регіональний базовий рівень для майбутніх епідеміологічних, діагностичних і порівняльно-геномних досліджень ветеринарних дерматофітів. Для лікаря це означає: з'явився референс для порівняння місцевих штамів, а мітогеном — додатковий маркер для розрізнення близьких видів, де ITS сам по собі не дає однозначної відповіді.