Виправлення до статті про геномне групування Paenibacillus larvae зі Словаччини

Що сталося

Журнал Frontiers in Veterinary Science опублікував корекцію до статті Kopcakova та співавторів про філогеномний аналіз ізолятів Paenibacillus larvae зі Словаччини. Це технічне виправлення — наукові висновки роботи не переглядалися.

Що виправили в афіліаціях

Авторам Jana Kiskova та Peter Pristas не вказали афіліацію "Department of Microbiology, Institute of Biology and Ecology, Faculty of Science, Pavol Jozef Safarik University in Kosice". Її додали.

Натомість афіліацію "Department of Animal Physiology, Faculty of Natural Science, Institute of Biology and Ecology, Pavol Jozef Safarik University, Kosice" включили помилково — її прибрали.

Також виправили формулювання й структуру афіліацій: у першій змінили порядок установ (Institute of Animal Physiology тепер перед Centre of Biosciences), а колишню другу афіліацію переформулювали й вона стала третьою.

Помилки в таблиці 3

Таблиця порівнює геноми чотирьох ізолятів: референсного штаму DSM25430 з Німеччини (ERICII тип) та трьох словацьких — D3, 5S і M1.

Виправлення:

• У третьому рядку зайво стояв текст "genes in category". Правильний підзаголовок — "Number of".
• У восьмому рядку "The presence of a plasmid" мав бути підзаголовком, а не звичайним рядком.
• Між рядком Unnamed 2 (NZ_CP019654.1) і рядком Virulence, disease and defense пропустили підзаголовок "Number of genes in category".

Ключові цифри з виправленої таблиці

Розмір геному: DSM25430 — 4 056 006 п.н.; D3 — 3 714 613; 5S — 3 708 420; M1 — 3 679 277.

Кодуючі послідовності: 3 796 у німецького штаму проти 4 401 / 4 393 / 4 369 у словацьких ізолятів.

РНК: 102 проти 77 / 76 / 77.

Плазміди: pPLA2_10 і Unnamed 1 присутні у DSM25430, D3 і M1, відсутні у 5S. Unnamed 2 є в усіх чотирьох.

Гени за категоріями (DSM25430 / D3 / 5S / M1): вірулентність, хвороби й захист — 63 / 67 / 66 / 62; стрес-відповідь — 77 / 80 / 79 / 79; регуляція та клітинний сигналінг — 53 / 58 / 58 / 46; метаболізм ДНК — 343 / 124 / 122 / 121; мотильність і хемотаксис — 38 / 73 / 73 / 73.

Що це означає для практики

Для ветеринарного лікаря тут нічого не змінюється: корекція стосується оформлення, а не даних. Але якщо ви цитуєте таблицю 3 або посилаєтеся на афіліації авторів — беріть оновлену версію статті. Різниця в метаболізмі ДНК (343 гени в німецького штаму проти ~120 у словацьких) і в мотильності (38 проти 73) залишається найцікавішим сигналом у цих даних — вона узгоджується з гіпотезою регіонального геномного групування.