Ramlıç: 15 ділянок геному під селекцією — ROH та iHS збіглися

Ramlıç — турецька композитна порода: 65–70% Rambouillet + 30–35% Dağlıç, далі відбір на м'ясо, воvну, плодючість. Автори вирішили подивитися, які сліди селекція залишила в геномі.

Матеріал і методи 96 тварин, Illumina OvineSNP50K. Після контролю якості (MAF < 0,05 і відхилення від HWE викинули) залишилось 44 171 аутосомний SNP. ROH шукали ковзним вікном: мінімум 37 SNP, мінімальна довжина 1 Мб, максимум 1 гетерозигота і 2 пропуски на вікно. iHS рахували по гаплотипах, поріг — емпіричний топ 1% за |iHS|.

Що знайшли 1956 ROH-сегментів, у середньому 20,38 на тварину. Середній FROH — 4,57%. Переважали короткі й середні сегменти: 2–<8 Мб дали ~78% усіх ROH. Це означає, що основна частина інбридингу — не свіжа, а тягнеться з давніших поколінь.

66 ROH-островів. Найвища частота ROH — на OAR6.

iHS-аналіз дав 48 вікон по 500 кб, де щонайменше 3 SNP перевищили поріг.

Головне для практики Збіглися обидва методи — 15 регіонів на OAR1, OAR2, OAR6 і OAR11. Це найнадійніші кандидати, бо підтверджені двома незалежними підходами.

Найсильніший сигнал — OAR6, 36,5–38,0 Мб. Там ROH-острів з максимальною частотою збігся з кластером екстремальних |iHS|. У регіоні лежать ABCG2, SPP1, MEPE, LAP3, NCAPG — гени, які в інших порід уже пов'язували з ростом, м'ясною продуктивністю і скелетною морфологією. NCAPG і LAP3 — класика по м'ясності та вазі; SPP1 і MEPE — кістковий метаболізм.

Обмеження Вибірка 96 голів, чип 50K — роздільна здатність невисока. Автори самі кажуть: потрібні більші популяції, щільніші чипи (або WGS) і функціональна перевірка. Це карта кандидатів, а не доведені причинно-наслідкові зв'язки.

Висновок Отримали першу геномну картину автозиготності Ramlıç. FROH 4,57% — інбридинг помірний. 15 конкордантних регіонів — пріоритет для подальшого пошуку. OAR6 36,5–38,0 Мб — головний кандидат на роль сліду селекції за м'ясними ознаками.