Що знаходять у легенях, слині та фекаліях клінічно хворих свиней: польові дані з корейських ферм
У клінічно симптомних свиней на комерційних фермах Південної Кореї найчастіше виявляли Pasteurella multocida, а в легенях — PRRSV. Мікробіом легень виявився найбіднішим за різноманіттям, а наявність Clostridium perfringens збігалася зі змінами кишкової спільноти.
Дослідження з Південної Кореї: зібрали зразки від свиней із клінічними симптомами на комерційних фермах — легені (нижні дихальні шляхи, n=33, 21 ферма), ротову рідину (верхні дихальні шляхи, n=67, 17 ферм) і фекалії (n=79, 34 ферми). Період збору — жовтень 2023 – грудень 2024. Легені відбирали посмертно, з ділянок із видимими ураженнями, після припікання плевральної поверхні для зменшення контамінації.
Діагностика: мультиплексна qPCR та one-step RT-qPCR для основних респіраторних і кишкових патогенів. Поріг позитивності — Ct < 35, аналітична межа виявлення близько 100 копій на реакцію. Паралельно — секвенування V4-ділянки 16S rRNA на Illumina MiSeq.
Ключові результати щодо патогенів:
- Більшість респіраторних патогенів частіше виявляли в ротовій рідині, ніж у легенях.
- Pasteurella multocida — найчастіший патоген загалом.
- PRRSV — найвища частота виявлення саме в легенях.
- Серед кишкових патогенів лідер — ротавірус.
Мікробіом:
- Найнижче видове різноманіття — у легенях.
- Структура спільнот чітко відрізнялася між легенями, ротовою рідиною та фекаліями.
- У фекаліях домінували роди, пов'язані з Prevotellaceae.
- Легені: домінування обмеженого числа таксонів, зокрема Escherichia–Shigella та Actinobacillus.
- Ротова рідина: рівномірніший розподіл, збагачення на Moraxella і Streptococcus.
Окремий блок — Clostridium perfringens. Групи, позитивні та негативні за цим збудником, відрізнялися за таксонами з диференційною представленістю та мали контрастні прогнозовані функціональні профілі. Це вказує на можливий зв'язок між присутністю C. perfringens і складом кишкової мікробіоти.
Для практики: ротова рідина дає вищу виявляваність більшості респіраторних патогенів, ніж легені, тож для моніторингу стада вона чутливіша. Легені залишаються ключовим зразком для PRRSV. Мікробіомні дані варто читати разом із результатами ПЛР — склад спільноти може підказувати, як саме патоген змінює екосистему дихального чи кишкового тракту.