Avibacterium paragallinarum тимчасово "вичищає" мікробіом верхніх дихальних шляхів курчат
Зараження A. paragallinarum у SPF-курчат призводить до тимчасового зниження різноманіття мікробіому верхніх дихальних шляхів — мінімум на 4-й день після інокуляції, повернення до базового рівня до 9-го дня. Різні польові штами дали схожу картину. Навіть без клінічних ознак склад мікробіому змінюється.
Інфекційний риніт (ІК) спричиняє Avibacterium paragallinarum — грамнегативна, нерухома, біполярно забарвлена паличка з родини Pasteurellaceae. Хвороба б'є по економіці: затримка росту у бройлерів, зниження яйценоскості, витрати на біобезпеку. Антибіотики знімають клініку, але бактерія продовжує колонізувати верхні дихальні шляхи (ВДШ) після їх відміни.
Дослідження на SPF-курчатах White Leghorn віком 4 тижні. П'ять груп по 5 птахів: контроль (PBS) і чотири групи, кожну інокулювали окремим польовим штамом A. paragallinarum інтраназально, 0,2 мл, 10⁷ КУО/мл. Штами AP10, AP36, AP37, AP51 — з комерційних стад США, різні фенотипи й секвенс-типи, включно з атиповими непатогенними.
Збирали зразки зі слизової хоан на 0, 2, 4, 7 і 9 день після зараження, пулірували за групою. Секвенували 16S rRNA V3-V4. Через малу кількість біологічних повторів статистику трактували як орієнтовну.
Що вийшло:
- ВДШ-мікробіом спочатку домінували Firmicutes, далі Proteobacteria. Під час інфекції частка Proteobacteria зростала.
- У заражених груп нижче різноманіття: Chao1 (p = 0,03175) і кількість ASV (p = 0,03372).
- Мінімум різноманіття — на 4-й день після інокуляції, повернення до базового рівня — до 9-го дня.
- Склад угруповання відрізнявся між зараженими й незараженими за unweighted UniFrac (p = 0,027; PERMDISP незначущий).
- Між окремими штамами різниці в показниках різноманіття не знайшли.
Ключове для практики: навіть без виражених клінічних ознак інфекція помітно й тимчасово змінює мікробіом ВДШ. Це має значення для розуміння, чому після ІК часто загострюються вторинні інфекції — Mycoplasma gallisepticum, Ornithobacterium rhinotracheale, Gallibacterium anatis, віруси грипу, IBV, аденовірус. Порушений мікробіом втрачає функцію "воротаря", який стримує колонізацію патогенів і підтримує мукозальний імунітет.
Обмеження: малі групи, пулірування зразків, відсутність статистичної потужності для порівняння штамів. Це стартова характеристика, а не фінальний висновок. Але напрямок зрозумілий: мікробіом ВДШ варто враховувати при менеджменті інфекційного риніту й коінфекцій.