Угорські штами Pseudomonas aeruginosa з отитів собак: стабільний "кістяк" вірулентності, але різні ефектори T3SS
Секвенували 52 архівні ізоляти P. aeruginosa з отитів собак (2010 і 2017 рр.). Набір генів вірулентності майже однаковий між роками, але ефектори T3SS "гуляють": exoU лише в 4 з 52. Тобто універсального "собачого" профілю вірулентності немає — є спільний фон плюс індивідуальні варіації.
Дослідження з Будапешта: взяли архівну колекцію P. aeruginosa, виділену з отитів зовнішнього вуха собак в Угорщині у 2010 і 2017 роках. Номінально було 70 ізолятів (ідентифікатори 70–139), але довгі збірки геному і записи скринінгу VFDB знайшлися лише для 60. Один ізолят відсіяли після таксономічної перевірки (не дотягнув до виду P. aeruginosa). Далі — жорсткий фільтр якості CheckM (повнота ≥95%, контамінація ≤5%): основна когорта — 52 геномно підтверджені ізоляти. Ще 7 зразків, що не пройшли CheckM, залишили тільки для опису, без підрахунку поширеності.
Що знайшли:
- У основній когорті — 242 різні гени, асоційовані з вірулентністю, медіана 230,5 на ізолят.
- 217 генів (89,7%) — "core-like", тобто трапляються щонайменше у 95% геномів.
- Широко консервативні: альгінат, пілі IV типу, джгутикові гени, сидерофори, феназини, quorum sensing, системи секреції II, III і VI типів.
А ось ефектори T3SS — ні. Розподіл такий:
- exoT — 52/52 (100%)
- exoY — 50/52
- exoS — 49/52
- exoU — лише 4/52
В одному ізоляті на рівні збірки знайшли одночасно exoS і послідовність, гомологічну exoU. Автори наголошують: це лише детекція в збірці, а не доказ цілісності кодуючої послідовності, експресії чи функціональної ко-експресії. Класична картина "або exoS, або exoU" тут не абсолютна.
Порівняння 2010 проти 2017: склад вірулому статистично не відрізнявся (PERMANOVA на квадратному корені Jaccard, R² = 0,0134, p = 0,6083). Після корекції на множинні порівняння жоден окремий ген не був пов'язаний з роком збору.
Для практики це означає: у собак з отитами циркулює не якийсь особливий "собачий" патовар P. aeruginosa, а звичайні різноманітні лінії, які користуються запаленим вухом як нішею. Спільний вірулентний фон стабільний, але набір ефекторів T3SS варіює від ізоляту до ізоляту — включно з рідкісним exoU, який у людей асоціюють зі швидкою цитотоксичністю і тяжчим перебігом. Тому не варто очікувати, що генотип вірулентності передбачить клінічну картину в конкретного пацієнта.
Обмеження, про які чесно пишуть автори: це історична вибірка, гени визначали як геномні гомологи за VFDB, а не як доказ експресії чи внеску в патогенність. Аналізи, чутливі до відсутності генів, залежать від якості збірки й порогів ідентичності/покриття — тому й такий суворий QC-фільтр.