Новий штам PDCoV у Китаї: 25 замін у спайковому білку проти вакцинного штаму
У грудні 2024 року на фермі в провінції Хубей стався спалах діареї серед поросят із летальністю близько 20%. Ізольований штам SP2403-2 належить до китайської лінії PDCoV і має 25 амінокислотних замін у S-білку порівняно з вакцинним штамом CHN-HN-2014 — це ставить під питання ефективність поточних вакцин.
Спалах стався у грудні 2024 року на інтенсивній фермі в провінції Хубей (центральний Китай) на ~2100 свиноматок. Ферма рутинно вакцинувала свиноматок проти PEDV і TGEV інактивованими вакцинами двічі за поросність, але проти PDCoV вакцинації не було.
Хвороба почалася з діареї у свиноматок одного опоросного цеху (80 голів). Поросята захворіли з 3-денного віку: гостра водяниста діарея, зневоднення, млявість. Летальність серед уражених поросят — близько 20%, це приблизно 240 загиблих поросят і щонайменше 140 000 юанів збитків.
У зразках кишечника хворого поросяти методом RT-qPCR/qPCR знайшли лише PDCoV. PEDV, TGEV, PoRV, GETV і PCV2 — усі негативні. Тобто PDCoV був основним збудником спалаху.
Вірус ізолювали на клітинах LLC-PK1 із додаванням 2,5 мкг/мл трипсину, пасажували 7 разів. Ізоляцію підтвердили імунофлуоресценцією та електронною мікроскопією. Штам назвали SP2403-2.
Повний геном SP2403-2 — 25 244 нуклеотиди. Порівняння з референсними штамами PDCoV дало 97,0–99,2% ідентичності нуклеотидів; найближчий родич — нещодавно описаний китайський штам JSTZ2025 (99,2%). Філогенетичний аналіз за повним геномом, ORF1ab і геном S підтвердив належність до китайської лінії.
Ключове для практики: при вирівнюванні S-білка SP2403-2 із вакцинним штамом CHN-HN-2014 виявили 25 амінокислотних замін. Структурне картування на кріо-ЕМ-структурі S-білка (PDB 6B7N) показало, що ці мутації переважно лежать на поверхнево експонованих ділянках критичних доменів S-білка — тобто там, де розташовані основні нейтралізуючі епітопи (S1-NTD і S1-CTD) і ділянки зв'язування з рецептором.
Висновок для практики: циркулюючий китайський штам PDCoV несе суттєву варіабельність S-білка відносно вакцинного штаму. Це потенційний ризик зниження ефективності наявних вакцин і привід переглядати їхню актуальність. Потрібен постійний нагляд за новими варіантами PDCoV.