Казахська грубововнова курдючна вівця: перший повногеномний аналіз виявив схильність до скрейпі та Maedi-Visna
Вперше секвеновано геном 20 казахських грубововнових курдючних овець. Знайшли 208 ділянок селекції та 297 генів-кандидатів. Тривожний сигнал: 60% тварин мають високоризиковий генотип NSP3 за PRNP, а 95% — генотип E35E за TMEM154, що підвищує сприйнятливість до скрейпі та Maedi-Visna. Повністю резистентних ARR/ARR не виявлено.
Казахська грубововнова курдючна (KCWFT) — аборигенна порода, яка тримає понад половину вівцепоголів'я Казахстану (23,1 млн голів станом на 2025 рік). Вона витривала, добре використовує бідні пасовища й адаптована до різких континентальних коливань температури. Досі її геном не був охарактеризований на рівні повного секвенування — попередні роботи спиралися лише на SNP-чіпи.
Дослідники секвенували ДНК з вушних тканин 20 тварин з ферми Bepen (Бескарагайський район, Абайська область) на Illumina NovaSeq 6000, парні читання 150 bp, покриття 15X. Вирівнювання — на референс ARS-UI_Ramb_v3.0. Структуру популяції оцінювали методом головних компонент, сигнатури селекції — інтеграцією FST, нуклеотидного різноманіття (π) і статистики Tajima's D. Варіанти в локусах PRNP і TMEM154 витягували з VCF через bcftools.
За PCA порода утворює окремий кластер, генетично найближчий до башібайської та хуайської (Hu) овець, чітко відмежований від європейських м'ясних і короткохвостих порід.
Знайшли 208 кандидатних ділянок селективного свіпу з 297 генами, що перекриваються. Анотація QTL показала збагачення за локусами:
- стійкість до шлунково-кишкових нематод — 14 QTL;
- маса тіла — 9 QTL;
- сприйнятливість до пневмонії — 2 QTL;
- клінічний мастит — 2 QTL;
- сприйнятливість до Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis — 2 QTL.
Ключове для практики — два локуси спадкової резистентності.
PRNP (скрейпі). Виявлено 5 гаплотипів. 60% тварин належать до високоризикового генотипу NSP3. Жодної тварини з повністю резистентним генотипом ARR/ARR не знайдено. Нагадаю: ARR пов'язаний зі стійкістю до класичного скрейпі, VRQ — з високою сприйнятливістю; ключові кодони — 136, 154, 171.
TMEM154 (Maedi-Visna). 95% особин несуть генотип E35E, асоційований з підвищеною генетичною сприйнятливістю до Maedi-Visna (збудник — вірус маеді-вісни, SRLV). Мутація E35K пов'язана з підвищеною резистентністю — її в популяції практично немає.
Офіційно випадків скрейпі та Maedi-Visna в Казахстані не зареєстровано, але це не означає їх відсутності. Моніторинг PRNP і TMEM154 дає інструмент генетичного нагляду й селекції для зниження спадкової схильності — з огляду на вимоги ЄАЕС і світового ринку.
Для практики: порода має унікальну адаптивну генетику й корисні алелі за продуктивністю та стійкістю до паразитів, але за двома ключовими інфекціями генетичний фон несприятливий. Це аргумент включати PRNP і TMEM154 у програми маркер-асоційованої селекції та збереження породи.