Герпесвірус у фрегатів Французької Гвіани: метагеномний погляд на мікробіом дзьоба

Що сталося

Популяцію величних фрегатів (Fregata magnificens) на острові Гран-Коннетабль у Французькій Гвіані спостерігають із 2005 року через високу смертність пташенят із вузлуватими проліферативними ураженнями шкіри та ділянками без пір'я. У 2009 році в однієї особини в кірці виявили альфагерпесвірус. Причину спалахів тоді так і не встановили.

У січні 2024 року дослідники повернулися на острів і відловили 14 пташенят віком 1,5–3 місяці. Шість були клінічно здорові, вісім мали ознаки дистресу (млявість) і виражені ураження: кірки на крилах, шиї та голові, гіперкератоз очей і потовщення рогівки. Відібрали змиви з дзьоба, клоакальні змиви, кров, а також кірки та фрагмент дзьоба, що відпав у тяжко хворої птиці.

Методи

Скринінг на герпесвірус робили широкодіапазонною nested PCR за VanDevanter et al. — ампліфікували фрагмент ~215–315 п.н. гена ДНК-залежної ДНК-полімерази (DdDp). Додатково розробили два видоспецифічні ПЛР-аналізи на основі NGS-послідовностей (амплікони ~596 п.н.) для зразків 1C і 9C. Чотири змиви з дзьоба (два герпес-позитивні, два негативні контролі — один здоровий, один із симптомами) секвенували метагеномно методом NGS.

Результати

Герпесвірус знайшли у змивах із дзьоба у двох із 14 птахів — один здоровий, один із клінічними ознаками. У решті зразків (кров, клоака, кірки) — негативно.

Бактерійне угруповання: домінували Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes і Fusobacteria — типові для кишкової мікробіоти. Усі ці філи виявили в кожному секвенованому зразку.

Серед небактеріофагових вірусів найбільша частка припала на Orthoherpesviridae у ПЛР-позитивних тварин, далі — послідовності, споріднені з Adenoviridae та Hepadnaviridae.

Аналіз ділянки DdDp Orthoherpesviridae дав дві послідовності:

• одна — 98,1% нуклеотидної ідентичності з послідовністю, зареєстрованою в цій же місцевості у 2005 році;
• друга — 72,1% ідентичності з герпесвірусом грифа з Індії.

Бактерійні та вірусні популяції між тваринами з клінічними ознаками та без них були переважно схожі.

Висновки для практики

Через малу вибірку (n=14, метагеном — лише 4 зразки) неможливо сказати, чи пов'язані виявлені мікроорганізми з ураженнями шкіри. Детекція вірусу в змивах не розрізняє первинну інфекцію, латентність і реактивацію. Це перше метагеномне дослідження фрегатів — воно описує мікробіом, але не доводить причинності. Питання, чи герпесвірус (сам або разом зі стресом та імуносупресією) спричиняє спалахи, залишається відкритим.