Просторова транскриптоміка на TMA виявила субклінічний PCV2 у нирках свиней

Що зробили

Взяли архівні FFPE-блоки від свиней із ферм з історією PCVAD. Відібрали 20 серопозитивних поросят віком 7–10 тижнів. Десятьох виключили через віремію або позитивну ПЛР/IHC у тканинах. Залишилося десять тварин із субклінічною інфекцією — сероконверсія є, віремії немає.

З цих тварин сформували tissue microarray (TMA): висічки 1–4 мм із нирок, селезінки, лімфовузлів, легень і печінки перенесли в новий блок. Нирки попередньо перевірили на некротизуючий васкуліт, фібринонекротизуючий гломерулонефрит та інтерстиціальний нефрит — усе чисто. Для PCV2 нирки були негативні за qPCR та IHC.

Як аналізували

Зрізи 4 мкм наклали на чіп Stereo-seq N Slide V1.0. Далі — стандартний протокол STOmics для FFPE: пермеабілізація, захоплення РНК на DNA-наноболах, зворотна транскрипція in situ, ПЛР-ампліфікація, бібліотеки, секвенування на DNBSEQ-Tx. Отримали 4,79 млрд парних рідів.

Результати

Некерована кластеризація розділила ниркову тканину на чотири мікроструктури з чіткими маркерами:

• клубочок — MAGI2
• проксимальний каналець — CUBN
• дистальний звивистий каналець — SLC8A1
• збірна протока — ERBB4

У добре сегментованих клітинах проксимальних канальців знайшли транскрипти PCV2. Тобто вірус сидів у нирці, хоча qPCR та IHC на тій самій тканині давали негатив.

Що це означає для практики

Просторова транскриптоміка ловить і господаря, і збудника одночасно, з прив'язкою до конкретної мікроструктури. На архівних парафінових блоках, які пролежали до 2 років. Це відкриває шлях до молекулярної діагностики латентних і субклінічних інфекцій, де звичайні методи сліпі. Для свинарства це критично: PCV2 викликає імуносупресію, а в ксенотрансплантації залишається патогеном, який обов'язково треба виключати в донора.

Обмеження — TMA дає малу площу зрізу й може втрачати топологічний контекст. Але для скринінгу багатьох зразків на одному слайді це виправдано: менше реагентів, менше варіабельності, швидше.